實(shí)驗(yàn)案例
2025/3/19 9:04:15
這款非接觸超聲波DNA打斷儀幫你輕松搞定ChIP實(shí)驗(yàn)!
來源：上海凈信
ChIP實(shí)驗(yàn)原理：是在活細(xì)胞狀態(tài)下固定蛋白質(zhì)－DNA復(fù)合物，并將其隨機(jī)切斷為一定長度范圍內(nèi)的染色質(zhì)小片段，然后通過免疫學(xué)方法沉淀此復(fù)合體，特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段，通過對(duì)目的片段的純化與檢測(cè)，從而獲得蛋白質(zhì)與DNA相互作用的信息。
1.細(xì)胞交聯(lián) Crosslinking
目的：通過甲醛交聯(lián)將蛋白質(zhì)與DNA結(jié)合固定，形成穩(wěn)定的復(fù)合物。
步驟：向細(xì)胞培養(yǎng)基中加入甲醛（通常濃度為1%），孵育10-15分鐘。加入甘氨酸終止交聯(lián)反應(yīng)。收集細(xì)胞，用預(yù)冷的PBS洗滌
2.細(xì)胞裂解 Cell Lysis
目的：裂解細(xì)胞，釋放染色質(zhì)
步驟：使用含有蛋白酶抑制劑的裂解緩沖液裂解細(xì)胞。
離心收集細(xì)胞核。
3.染色質(zhì)打斷 Chromatin Shearing
目的：將染色質(zhì)打斷成200-1000 bp的片段，便于后續(xù)免疫沉淀。
步驟：（注意打斷后需通過瓊脂糖凝膠電泳或生物分析儀檢測(cè)片段大小。）
超聲打斷：使用超聲儀將染色質(zhì)打斷。
酶解法：使用微球菌核酸酶（MNase）消化染色質(zhì)。
4.免疫沉淀 Immunoprecipitation, IP
目的：利用特異性抗體捕獲目標(biāo)蛋白-DNA復(fù)合物。
步驟：將染色質(zhì)片段與目標(biāo)蛋白的特異性抗體孵育（通常過夜）。加入Protein A/G磁珠或瓊脂糖珠，捕獲抗體-蛋白-DNA復(fù)合物。洗滌磁珠，去除非特異性結(jié)合。
5.解交聯(lián) Reverse Crosslinking
目的：釋放DNA，便于后續(xù)分析。
步驟：加入含有蛋白酶K的解交聯(lián)緩沖液，65℃孵育數(shù)小時(shí)或過夜。加熱使蛋白質(zhì)變性，釋放DNA。
6.DNA純化 DNA Purification
目的：純化DNA，去除蛋白質(zhì)和RNA。
步驟：使用酚-氯仿抽提或商業(yè)化的DNA純化試劑盒。通過乙醇沉淀或離心柱法回收DNA。
7.DNA分析 DNA Analysis
目的：檢測(cè)目標(biāo)DNA片段。
方法：qPCR：定量檢測(cè)目標(biāo)DNA片段的富集程度。
測(cè)序（ChIP-seq）：高通量測(cè)序分析全基因組范圍內(nèi)的蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)。
ChIP實(shí)驗(yàn)的關(guān)鍵點(diǎn)：
抗體特異性：抗體的質(zhì)量直接影響實(shí)驗(yàn)結(jié)果，需選擇經(jīng)過驗(yàn)證的高特異性抗體。
染色質(zhì)打斷：片段大小需控制在200-1000 bp，過大或過小都會(huì)影響免疫沉淀效率。
對(duì)照設(shè)置：包括Input對(duì)照、IgG對(duì)照等，確保實(shí)驗(yàn)結(jié)果的可靠性。
ChIP實(shí)驗(yàn)雖然步驟較多，但通過優(yōu)化條件和選擇合適的工具（如高效的DNA打斷儀），可以顯著提高實(shí)驗(yàn)效率和成功率。
傳統(tǒng)超聲打斷法存在諸多痛點(diǎn)：
操作繁瑣，耗時(shí)耗力：需要反復(fù)摸索超聲條件，耗時(shí)長達(dá)數(shù)小時(shí)。
樣本損失大，重復(fù)性差：超聲過程中容易產(chǎn)生熱量，導(dǎo)致樣本降解，實(shí)驗(yàn)結(jié)果不穩(wěn)定。
難以處理微量樣本：傳統(tǒng)方法對(duì)樣本量要求高，難以滿足微量樣本的實(shí)驗(yàn)需求。
別擔(dān)心！這款凈信DNA打斷儀，專為ChIP實(shí)驗(yàn)量身打造！
高效便捷，省時(shí)省力：采用獨(dú)特的非接觸超聲波DNA打斷技術(shù)，利用超聲波的能量，通過非接觸的方式對(duì)DNA樣品進(jìn)行打斷，從而得到所需的DNA片段，效率提升數(shù)倍！
①溫和打斷，保護(hù)樣本完整性： 精確控制能量輸出，避免熱效應(yīng)，最大程度保護(hù)DNA完整性，確保實(shí)驗(yàn)結(jié)果準(zhǔn)確可靠。
②微量樣本，輕松應(yīng)對(duì)：可處理微量樣本，滿足各種實(shí)驗(yàn)需求。
③這款DNA打斷儀，不僅是ChIP實(shí)驗(yàn)的得力助手，還可應(yīng)用于：下一代測(cè)序（NGS）文庫制備、DNA片段化分析、DNA蛋白質(zhì)相互作用研究。
